按照上海市政府机构改革方案，2000年4月原上海市专利管理局更名为上海市知识产权局，由事业性质调整为行政机关，成为市政府的一个直属机构，主管全市专利工作和统筹协调本市涉外知识产权工作。上海市知识产权局的成立，是市委、市政府为适应市场经济竞争需要，迎接知识经济的挑战而做出的重大举措，标志着上海的知识产权工作开始进入全方位整体推进的新阶段。

 上海市知识产权局的主要职能有：
（一） 贯彻执行有关专利工作的方针、政策和法律、法规、规章；结合本市实际，研究起草专利工作的地方性法规、规章草案和政策，并组织实施有关法规、规章和政策;
（二） 编制本市专利工作中长期发展规划，并组织实施；研究制定本市专利与相关产业协调发展的战略;
（三）负责受理专利申请，依法处理本市专利纠纷和查处冒充专利行为;
（四）负责专利和知识产权法律、法规的宣传普及和教育工作;
（五）负责管理专利技术市场、专利中介服务机构和专利许可证贸易中的专利工作；协助有关部门管理技术进出口中的专利工作;
（六）负责本市专利信息发布及专利信息网络组建工作；指导专利信息资源的开发利用;
（七）统筹协调本市涉外知识产权事宜；负责专利工作对外和对港、澳、台地区的合作与交流；
（八）负责有关行政复议受理和行政诉讼应诉工作；
（九）承办市政府交办的其他事项。